Al comenzar la Segunda Guerra Mundial, el crucero pasó a ser empleado como lugar de alojamiento para los tripulantes de submarinos que estaban recibiendo entrenamiento y, con posterioridad, fue clasificado como barco hospital.

A esta tarea llevaba dedicado más de cuatro años cuando el almirante Doenitz, comandante en jefe de la flota de submarinos, ordenó que se utilizara para la evacuación de sus marinos.

El Wilhem Gustloff tenía una estructura de mando doble. Como barco civil se hallaba a las órdenes del capitán Friedrich Petersen de la marina mercante y como navío de alojamiento para tripulantes de submarinos estaba al mando del comandante Wilhelm Zahn.

Durante la tarde del 22 de enero de 1945, con una temperatura de 14 grados bajo cero, se procedió a preparar el crucero para que sirviera de barco de evacuación. De las 60.000 personas que habían pugnado por subir al barco, sólo lo consiguió una sexta parte.

Por añadidura, cuando el crucero estaba ya literalmente abarrotado, llegaron unas cuatrocientas auxiliares navales de edades comprendidas entre los 17 y los 25 años. Dado el peligro real que existía de que fueran violadas por el ejército rojo, se procedió a cargarlas en la zona que había ocupado la piscina en la cubierta E.

Finalmente, durante la mañana del 29 llegó un tren de heridos a Gotenhafen y se procedió en las peores condiciones a trasladar su pasaje al crucero. Para aquel entonces, pasillos, habitaciones y dependencias presentaban un cuadro general de hacinamiento en el que sólo el 60% de los pasajeros contaba con chalecos salvavidas.A las 12.30 del martes 30 de enero de 1945 cuatro lanchas remolcaron el crucero fuera del muelle para que pudiera alejarse del puerto.

El tiempo era infernal. El viento presentaba una velocidad de siete nudos por hora, la temperatura era inferior a los 10 grados bajo cero, nevaba y los témpanos de hielo pespunteaban peligrosamente la superficie del mar.

Cuando cayó la noche, los refugiados que habían vomitado o que comenzaban a desmoralizarse eran millares. A pesar de todo, la mayoría abrigaba la esperanza de que en unos días podrían llegar a la costa de Dinamarca.

Sobre las 9.10 de la noche, los pasajeros sintieron un impacto contra el casco del Wilhem Gustloff. No podían saberlo pero habían sido alcanzados, por tres torpedos disparados desde el submarino soviético S-13.

AGUAS HELADAS
El primer proyectil había alcanzado al barco bajo la línea de flotación pero las pérdidas ocasionadas por los dos siguientes resultarían mucho peores. El segundo había alcanzado la piscina de la cubierta E matando a casi todas las enfermeras mientras que el tercero dio en la sala de máquinas destruyéndola casi por completo.

Mientras los pasajeros eran presas del pánico, luchaban desesperadamente por llegar a las cubiertas superiores y no pocos se precipitaban a las aguas heladas del Báltico, la tripulación comenzó a lanzar llamamientos de SOS a la costa de Stolpmunde, en Pomerania. Aunque los mandos insistieron en que las mujeres y los niños debían ser los primeros en subir a los botes salvavidas la orden fue desobedecida y las mujeres embarazadas y los heridos se convertían en las primeras víctimas.

Al cabo de 50 minutos, el crucero se había sumergido bajo las aguas llevando consigo a la mayoría de los pasajeros. Los que habían conseguido alcanzar un bote o nadaban desesperadamente fueron recogidos por el torpedero alemán T-36 y otro barco de características similares que, como aquel, pertenecía a una pequeña flotilla de escolta que acompañaba al crucero pesado Admiral Hipper.

Aunque muchos de los pasajeros recogidos murieron a causa del frío, entre los supervivientes hubo algunas mujeres embarazadas.Incluso en el curso de la noche nacieron tres niños que fueron atendidos por soldados convertidos en improvisadas comadronas, episodio que ha servido al nobel Günter Grass para ambientar Im Krebsgang, su último libro. Paul, el protagonista de la novela, nació al poco de que su madre fuera rescatada del Báltico y, alcanzada ya su jubilación, se enfrenta a la difícil tarea de escribir sus memorias en un país que ha decidido hacer tabla rasa de la tragedia.

El torpedero T-36, entretanto, fue objeto de nuevos ataques submarinos y en una de las ocasiones en las que tuvo que maniobrar para esquivar un torpedo algunos de sus pasajeros cayeron al agua y murieron. Sin embargo, sobre las 14.00 horas del 31 de enero de 1945, ambos barcos llegaron con su carga a Sassnitz. De los más de 10.000 embarcados habían logrado salvar entre ambos a 996 personas. Finalmente, los casi 1.000 supervivientes fueron acogidos a bordo del barco hospital danés Rey Olaf.

La tragedia del Wilhem Gustloff constituyó el mayor desastre naval del siglo XX sextuplicando las 1.495 víctimas del Titanic, además el naufragio no se debió a un accidente, ni a  causas naturales.

Las motivaciones del comandante soviético Alexandr Marinesko para hundir el barco de refugiados fueron, según todos los indicios, más personales que militares. Marinesko había tenido en los últimos tiempos roces con sus superiores y se rumoreaba que podía ser detenido y deportado en cualquier momento. El marino soviético llegó a la conclusión de que un éxito militar como el hundimiento del Wilhem Gustloff podía sacarlo de tan comprometida situación y actuó en consecuencia.

No se equivocó en sus cálculos. La muerte de más de 9.000 militares y civiles fue considerada por las autoridades soviéticas un hecho lo suficientemente meritorio como para "condecorar a Marinesko con la medalla de Héroe de la URSS".  

Desde ese momento, el episodio se convirtió en un tema tabú. Los aliados occidentales no deseaban arrojar sombra de duda sobre la honorabilidad de los soviéticos y éstos no tenían interés en destacar la brutalidad con que habían actuado. Tampoco la dictadura comunista de la RDA pretendía recordar cómo habían entrado en Alemania sus mentores políticos.

Hubo que esperar al año 1955 para que una película titulada Nacht fiel über Gotenhafen tratara el tema, y hasta fechas más recientes para que un libro, SOS Wilhem Gustloff, de Heinz Schon, abordara el estudio histórico del trágico episodio. Al fin y a la postre, la existencia de testigos supervivientes había convertido en imposible la tarea de echar tierra sobre un episodio en el que habían quedado de manifiesto las peores pulsiones de la naturaleza humana.

«Im Krebsgang» (A paso de cangrejo), Ed. Steidl ), es la última novela de Günter Grass.