La Teoría de la Organización debería ser una disciplina científica que aborde el problema de la empresa y la organización, haciendo abstracción de los aspectos prácticos que la administración involucra. Una Teoría de la Organización no debería abordar la problemática inmediata y particular de cómo abaratar costos, incrementar la productividad o posicionarse en un mercado específico y puntual. Debería ser una disciplina rigurosa que responda preguntas fundamentales basándose en el planteamiento de hipótesis verificables empíricamente; preguntas como: ¿qué es la organización?, ¿cómo se constituye?, ¿cuál es su dinámica?, ¿se puede acaso decir que una empresa existe, como se dice que un electrón existe? y, de ser así, ¿en qué espacio existe?

Este quehacer científico debiera sustentarse sobre la base del conocer por simple curiosidad, sujeto al rigor requerido, y libre de presiones o compromisos por obtener determinados usos o aplicaciones utilitarias. La administración, así como otras disciplinas afines, como el control de gestión o la ingeniería de procesos de negocios, son las disciplinas prácticas destinadas a resolver los problemas concretos en dichos campos. Estas disciplinas afines a la administración deberían tener un referente científico no sólo en ciencias como la sicología, la sociología o incluso en la biología, donde en la actualidad -en ocasiones- lo hayan, sino que principalmente en una teoría científica de la organización.